一個設計合理的實驗室能提供一個合格的環境以支持實驗能夠安全有效地進行。 首先，需要為實驗室選擇一個合適的物理位置：遠離其他操作區域，如，生產或者儲運；沒有從其他區域進入實驗室的直接入口；實驗室必須是微生物實驗專用；應有專門微生物檢測無菌間，并通過緩沖間與準備間等進行區隔。微生物實驗室應該有單獨的通風系統, 與其無菌檢查薄膜過濾器他操作區域的空氣供給分開；空調系統的排氣必須直接排出實驗室, 空調系統應定時清洗, 并關注空氣過濾器的清潔。實驗室應該是限制進入的, 可以是卡片控制或者其他方式, 只有那些被允許進入實驗室的人員才能進入。實驗室人員應該有充足的工作區域, 從GLP標準來說, 每人應有20平方米的區域. 充足的工作區域可以避免工作中人員的碰撞, 也避免了交叉污染。實驗室的墻面, 屋頂和門都應該是平滑的, 光潔易于清洗消毒的；墻的接縫包括強和墻之間, 強和地面之間應該是弧形的；任何地方都應該不能聚集灰塵, 例如窗臺或者窗簾；柜子應該是可移動的或者是不著地的以方便清掃。實驗室應有充足的照明, 包括不間斷電源或者備用發電機. 樣品應無菌采得使用無菌采樣袋或無菌檢查薄膜過濾器者采樣瓶采樣員應戴防護手套, 在采樣前燒采樣口。樣品容器應緊閉并安全儲存，萬一培養基或者樣品濺到實驗服上， 應在做完一個實驗后換上干凈的。咳嗽或者鼻塞可能會帶來微生物并影響實驗，應戴好防護手套面罩 。使用本森燈或者酒精燈, 在實驗前點燃?；鹧嬖趯嶒瀰^域產生一個防護層， 可以防止那些懸浮在空氣中的微生物掉落在工作臺面上或者培養基上。開瓶前， 應用清潔劑的紙巾清潔瓶蓋和附近區域，除去蓋子上可能留存的微生物。蓋子打開后，玻璃瓶口應進行滅菌，可以在酒精燈上方旋轉瓶口和螺紋， 一般2-3秒。當打開培養皿時, 不能完全移除蓋子, 而應該保持在培養皿的上側, 從而能夠倒入培養基或者樣品, 這樣可以減少空氣灰塵或者微生物的污染。倒完培養基或者樣品后, 瓶口重新過火, 蓋蓋子, 用消毒劑清潔。
