科學跟宗教繼續分離，一直到十七世紀牛頓的誕生，他又進一步推動自然科學與宗教之間的分離。牛頓的三大定律和萬有引力的發現，使科學從宗教中（基督教中）得到了進一步的獨立。但薄膜過濾器是我們不要忘記一點，牛頓本人也是一個非常虔誠的基督教徒，他希望通過探索自然界的奧妙來實現對上帝的進一步認識。他非常鐘愛他的上帝，他想對上帝了解得更多一點，他了解的方式不是在教堂中祈禱，而是在科學中實驗，在科學中探索，他把對科學的探索視作進一步認識上帝真相的手段和途徑。從他探索科學的動機和目的就能看出，他不是要遠離上帝，正好相反，他是通過對自然界的探索來進一步走近上帝，認識上帝。他認為自然科學的探索并沒有阻礙他對上帝的愛，反而加強了他對上帝的愛。也就是說在牛頓的時代，自科學仍然在神靈的籠罩下，在宗教的籠罩下，沒有徹底地分離出來。自然科學從宗教中分離出來，經歷了一個曲折而漫長的過程。最早的分離開始于公元十五世紀左右，其代表人物是哥白尼和布魯諾，但這兩個人都是非常虔誠的基督教徒。當時的西方社會是基督教一統天下，是一個政教合一的時代。他們在信仰基督教的過程中，一不小心發明了望遠鏡，透過望遠鏡進一步了解了太陽、月亮的運行軌跡，這讓他們十分震驚，因為他們看到的太陽、月亮和基督教里面說的完全不同。基督教里面說地球是宇宙的中心，宇宙中的各星球是繞著地球轉的，包括太陽、月亮等等一切都繞著地球轉。而他們薄膜過濾器的發現正好相反，是地球繞著太陽轉。這個驚人的發現標志著自然科學和宗教之間的第一次沖突、第一次分離，但是這第一次的分離，自然科學失敗了，失敗的標志是布魯諾被宗教裁判所判決為異教徒，而被燒死在羅馬鮮花廣場上。可以說布魯諾是第一個為自然科學的誕生與發展，薄膜過濾器。自然科學與宗教根本的分離發生在二十世紀初，愛因斯坦的誕生，宗教的色彩大大地退化。愛因斯坦也是一個宗教徒，但是他的宗教色彩比牛頓淡多了，在他的心目中，上帝的身份和上帝的內涵發生了根本性的變化。有人曾經問過愛因斯坦：“你信上帝嗎？”他說：“我不大好說，我是信上帝的，但是我的這個上帝跟教堂里那個上帝不是同一個。在我眼中，上帝就是自然界的規律和法則，我無比信任自然界的規律和法則，我相信自然界的萬物是在嚴格的法則和規律下運行，沒有任何一個事物離開規律和法則的制約與掌管。因此，在我眼中，上帝等于法則，我眼中的上帝就是物理學法則。”至此，自然科學跟宗教是平等關系了，不是誰籠罩誰，誰主宰誰，終于平起平坐了。